L'antisémitisme en Egypte s'intensifie fortement. Le 15 mai 1948, l'état d'urgence est déclaré et un décret royal interdit aux citoyens égyptiens de quitter le pays sans un permis spécial. Cette mesure est appliquée aux Juifs. Des centaines de Juifs sont arrêtés et beaucoup voient leurs biens confisqués. Après plus d'un an en prison sans jugement, la plupart sont libérés à condition de quitter l'Egypte immédiatement, donc expulsés, y laissant tous leur biens. En juin et août 1948, des bombes sont posées dans les quartiers juifs et les commerces juifs sont pillés. Environ 250 Juifs ont été tués ou blessés par ces bombes. Environ 14 000 Juifs ont quitté l'Egypte entre 1948 et 1950.

En 1950, les Juifs irakiens ont été autorisés à quitter le pays dans l'année à condition qu'ils perdent leur citoyenneté. Un an plus tard, cependant, la propriété des Juifs qui ont émigré a été gelée et des restrictions économiques ont été imposées aux Juifs qui ont choisi de rester dans le pays. De 1949 à 1951, 104 000 Juifs ont été évacués d'Irak lors des opérations Ezra et Nehemie, 20 000 autres ont été passés en contrebande par l'Iran. Ainsi une communauté qui avait atteint un sommet d'environ 150 000 en 1947 a diminué à seulement 6000 après 1951.

Environ 3 000 Juifs égyptiens sont internés sans charge dans quatre camps de détention. Le gouvernement ordonne à des milliers de Juifs de quitter le pays en quelques jours. Ils ne sont pas autorisés à vendre leurs biens ni à emporter des capitaux. Les déportés ont dû signer des déclarations dans lesquelles ils s'engageaient à ne pas retourner en Égypte et à transférer leurs biens à l'administration du gouvernement. La Croix-Rouge internationale a aidé environ 8 000 Juifs apatrides à quitter le pays, emmenant la plupart d'entre eux en Italie et en Grèce. La plupart des Juifs de Port Saïd (environ 100) ont été emmenés clandestinement en Israël par des agents israéliens. Le système de déportation s'est poursuivi jusqu'en 1957. D'autres Juifs sont partis volontairement, après que leurs moyens de subsistance leur aient été retirés, jusqu'à ce que seuls 8 561 soient enregistrés dans le recensement de 1957. L'exode des Juifs s'est poursuivi jusqu'à ce qu'il ne reste plus qu'environ 3 000 Juifs en 1967.

La situation des Juifs en Algérie se détériore rapidement. En 1969, il reste moins de 1 000 Juifs. Dans les années 1990, leur nombre s'est réduit à environ 70.

Moins de 1 000 Juifs vivaient encore en Égypte en 1970. Ils ont reçu la permission de partir mais sans leurs biens. En 1971, il ne restait plus que 400 Juifs en Égypte. En 2013, il ne reste plus que quelques dizaines de Juifs en Égypte. En 2024, il reste deux juifs, une femme au Caire et un homme à Alexandrie.

Le contact avec les deux derniers Juifs de Somalie a été perdu.

Les membres de la communauté juive du Yémen ont fui le pays, il ne reste plus que six Juifs déclarés, bien que l'on ne sache pas s'ils ont été expulsés ou s'ils sont partis volontairement dans le cadre d'un accord de sortie avec le mouvement Houthi.
L'un des membres de la famille expulsée a déclaré :

"L'histoire se souviendra de nous comme les derniers des Juifs yéménites qui s'accrochaient encore à leur patrie jusqu'au dernier moment",

"Nous avions rejeté de nombreuses tentations à maintes reprises, et refusé de quitter notre patrie, mais aujourd'hui nous y sommes contraints."